翌日清晨，即杨秀清被杀后几小时，韦昌辉把杨头送到天王府验证，并请标为“老奸头”以示众。此时洪秀全是何种心情呢？语焉不详。但他随即下诏，张贴四方，内称“杨逆窃据神器，妄称万岁，已遭天殛”并贬骂杨秀清为“东孽”，这意味着要永远开除他的神籍人籍，打倒在地，踏上一只脚，叫他永世不得翻身。
天京内讧的第一回合，是天王指使北王杀了东王。消息传来，不胫而走，全城军民有欢庆的，有难以理解的，当然也有黯然的，那就是东王的部属。
天王也曾降诏，说杨秀清逆谋是上天泄露的，余党一概赦宥不问。
可是，当年在杨秀清专政时，东王部属多有仰仗杨的权威，欺凌他人的，现在靠山倒了，报复性的杀戮是难以控制的。
洪秀全、韦昌辉等对杨的部属也是不放心的。由韦昌辉出面主持肃清所谓“余孽”事。当时，杨秀清在天京的部属为了图生存，由东殿礼部一尚书傅学贤率领，自峨眉岭扎营至虎贲仓，韦昌辉即率党羽扎营于小仓至大行宫，两军对垒，巷战三天，不分胜负。
韦昌辉不能取胜。这也使洪秀全不寒而栗。洪、韦大概此时又作密谋，仍由韦昌辉出面应付。
9月4日，即杀杨后的第三天，天王府女宣诏在天王宫殿前栏杆里宣布天王诏旨，因为韦昌辉、秦日纲血洗东王府，杀戮无辜，特惩罚其罪，令受鞭刑四百，由是东王部属都允诺前往观看韦、秦受罪行刑；在行刑时，行刑者故意尽力打击，响声可闻四方，木棍当场打断；东王部属五千人不知是假，全都徒手前来观看。