当岳飞在郾城大败金兵取得决定性胜利时,秦桧认为这对自己的投降政策很不利,便急忙下令要岳飞迅速班师。岳飞拒绝执行这个命令,坚请进军北伐。秦桧就下令先将其他各路军撤退,然后以“孤军不可久留”为借口,迫令岳飞退兵。在这种情况下,岳飞不得不忍痛撤兵。他愤慨地高叫道:“十年之功,废于一旦!所得诸郡,一朝全休!社稷江山,难以中兴!乾坤世界,无由再复!”中原一带的老百姓都拦住岳飞的马痛哭留阻。岳飞拿出诏书给百姓看,说:“我不能违抗命令!……”
一年以后,岳飞遭到秦桧的诬陷,被逮捕下狱。绍兴十一年十二月末(1142年1月),审理岳飞案件的官吏遵照秦桧的指示,硬诬陷岳飞有谋叛朝廷的罪名,将他毒死。岳飞临死前,什么话也没有说,只在奸臣们事先拟好的“供状”上写了八个大字:“天日昭昭!天日昭昭!”他的部将张宪和长子岳云同时被害。
在岳飞被害前不久,南宋统治者和金人订立了屈辱的和约。和约规定:宋对金称臣,并将东自淮河西到大散关(今陕西省宝鸡市西南)以北的土地划归给金;每年宋给金二十五万两银和二十五万匹绢。
和议告成后,秦桧愈加专横无忌。凡是主张抗金或同情岳飞的人,无不遭到他的陷害。有一个保卫商州十年之久,名叫邵隆的军官,在州城割让给金以后,常常秘密派兵化装出外袭击金兵。秦桧知道了以后,把他调到内地,用毒酒害死。岳飞的爱将牛皋年已六十一岁,秦桧还是对他放心不下,竟指使自己的党羽利用宴会机会把他毒死。