当岳飞在郾城大败金兵取得决定性胜利时，秦桧认为这对自己的投降政策很不利，便急忙下令要岳飞迅速班师。岳飞拒绝执行这个命令，坚请进军北伐。秦桧就下令先将其他各路军撤退，然后以“孤军不可久留”为借口，迫令岳飞退兵。在这种情况下，岳飞不得不忍痛撤兵。他愤慨地高叫道：“十年之功，废于一旦！所得诸郡，一朝全休！社稷江山，难以中兴！乾坤世界，无由再复！”中原一带的老百姓都拦住岳飞的马痛哭留阻。岳飞拿出诏书给百姓看，说：“我不能违抗命令！……”
一年以后，岳飞遭到秦桧的诬陷，被逮捕下狱。绍兴十一年十二月末（1142年1月），审理岳飞案件的官吏遵照秦桧的指示，硬诬陷岳飞有谋叛朝廷的罪名，将他毒死。岳飞临死前，什么话也没有说，只在奸臣们事先拟好的“供状”上写了八个大字：“天日昭昭！天日昭昭！”他的部将张宪和长子岳云同时被害。
在岳飞被害前不久，南宋统治者和金人订立了屈辱的和约。和约规定：宋对金称臣，并将东自淮河西到大散关（今陕西省宝鸡市西南）以北的土地划归给金；每年宋给金二十五万两银和二十五万匹绢。
和议告成后，秦桧愈加专横无忌。凡是主张抗金或同情岳飞的人，无不遭到他的陷害。有一个保卫商州十年之久，名叫邵隆的军官，在州城割让给金以后，常常秘密派兵化装出外袭击金兵。秦桧知道了以后，把他调到内地，用毒酒害死。岳飞的爱将牛皋年已六十一岁，秦桧还是对他放心不下，竟指使自己的党羽利用宴会机会把他毒死。